대법원 2025. 9. 11. 선고 2024두60435은 파산으로 공사대금채권의 회수불능이 객관적으로 확정된 경우, 파산 전 받은 돈을 약정에 따라 대여금 변제에 충당했다는 사정만으로 대손세액 공제를 부정할 수 없다고 판단했습니다. 모든 변제충당이 공제액에 영향을 주지 않는다는 뜻은 아닙니다.
사건 개요
정비사업 시공사였던 원고 회사는 공사대금 약 1,030억 원을 지급받지 못한 상태에서 사업시행자가 파산하게 되었습니다. 원고는 미수 공사대금을 법인세법상 대손금으로 손금산입하였고, 이어서 부가가치세법 제45조에 따른 대손세액 공제를 신청하였습니다.
그러나 세무서장은 파산 전 변제받은 484억 원을 공사대금이 아닌 대여금 상환에 먼저 충당한 점을 문제 삼아 약 33억 원의 환급을 거부하였습니다.
변제충당과 대손세액 공제란 무엇일까?
변제충당은 채무자가 여러 개의 채무를 부담하고 있고 변제금이 전부를 갚기에는 부족한 경우, 그 돈을 어떤 채무에 먼저 갚을 것으로 정하는 것을 의미합니다. 채권자와 채무자가 합의로 변제 순서를 정할 수 있으며, 합의가 없는 경우에는 민법 규정에 따라 순서가 정해집니다.
대손세액 공제는 부가가치세가 과세된 재화·용역의 매출채권을 법정 대손사유로 회수하지 못할 때 그에 해당하는 세액을 공제하는 제도입니다. 공제 결과와 신고 내용에 따라 납부세액이 줄거나 환급이 발생할 수 있습니다. 대여금 원금 그 자체는 과세 매출채권이 아니므로 이 공제의 대상이 아닙니다.
부가가치세가 과세된 공사대금은 법정 요건을 충족하면 대손세액 공제의 대상이 되지만, 대여금 원금 그 자체는 이 공제의 대상이 아닙니다.
변제충당 순서가 세금 환급에 미치는 영향
이 사건의 핵심 쟁점은 파산 전 변제받은 돈을 대여금부터 충당한 경우에도 공사대금 미수액 전부를 대손세액 공제로 인정할 수 있는지 여부였습니다. 세무서는 채권자가 공사대금을 먼저 변제받았어야 한다고 주장하며 환급을 제한하였습니다.
당사자 사이의 유효한 충당약정에 따라 변제금이 대여금에 충당되었다면 남은 공사대금채권을 기준으로 회수불능을 판단해야 합니다. 다만 약정과 다른 충당이나 실제 회수액을 숨긴 채 공제범위를 정해서는 안 됩니다.
대법원은 해당 사건의 약정과 지급 경위를 살펴, 대여금에 변제충당한 사실만으로 공사대금채권을 임의로 포기했다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 공사대금에 실제 충당된 금액은 미수채권액과 공제액에 영향을 주므로 충당 순서가 언제나 세금과 무관한 것은 아닙니다.
법원의 판단
서울고등법원은 채권자가 스스로 공사대금 회수 가능성을 포기하였다고 판단하고 세무서의 환급 거부 처분이 적법하다고 보았습니다.
대법원은 원심판결을 파기환송했습니다. 이 사건에 적용된 대손사유는 법인세법 시행령이 정한 파산 등에 따른 회수불능 채권을 부가가치세법 시행령이 인용하는 방식으로 규정되어 있습니다. 대법원은 약정에 따른 대여금 충당만으로 공사대금을 임의 포기했다고 볼 수 없고, 과거의 회수 가능성만으로 이후 객관적으로 확정된 회수불능을 부정할 수 없다고 보았습니다. 두 세목의 모든 공제·손금 요건이 동일하다는 뜻은 아닙니다.
판례의 의의
이 판결은 회수불능이 객관적으로 확정되기 전 회수 가능성이 있었다는 사정과, 채권을 임의로 포기한 특별한 사정을 구별했습니다. 법인세 손금산입을 했다는 사실만으로 모든 부가가치세 공제요건이 자동 충족되는 것은 아닙니다. 과세대상 매출채권인지, 대손사유와 확정 시기, 적용기한과 증빙을 확인해야 합니다.
파산 전 변제금의 충당약정과 이행내역, 잔존 공사대금채권 및 객관적 회수불능을 구별하여 확인해야 합니다. 공제받은 대손금액을 나중에 회수하면 관련 대손세액을 회수한 과세기간의 매출세액에 다시 더해야 합니다.
회수불능과 공제 요건 확인
파산선고 사실만으로 모든 미수채권을 즉시 공제할 수 있는 것은 아닙니다. 대손사유와 객관적 회수불능, 실제 회수액 및 해당 과세기간의 법정 요건을 확인한 뒤 공제·경정청구를 해야 합니다.
대여금에 먼저 충당했다는 사실만으로 배제할 수 없다는 판단 범위와, 실제 충당에 따른 잔존 매출채권액을 구별하여 검토해야 합니다.